به گفته دندانپزشک ترمیمی با لیزر، در صورت عدم پاسخ مطلوب به درمان اندودنتیک یا عدم امکان درمان با روش های غیر جراحی، درمان های جراحی اندودنتیک تجویز می گردد. هدف تمامی این درمان های جراحی حذف بیماری و جلوگیری از عود ضایعه می باشد.
دندانپزشک ترمیمی با لیزر می گوید که درمان جراحی را تنها زمانی تجویز می نماییم که نتوان نتایج بهتری را با روش های غیر جراحی کسب نمود. دلیل اصلی شکست درمان های اپیکوکتومی و پر کردن کانال از انتهای آن (retrograde filing) نفوذ مواد تحریکی از کانال دندان به بافت های پری اپیکال می باشد. اکثر این نشت ها از فضای بین ماده پرکردگی و عاج رخ می دهد. برای تطابق بیشتر مواد پرکردگی کانال با عاج تلاش های زیادی صورت گرفته است. اثر مواد پرکردگی مختلف از نظر توانایی سیل برای انتخاب بهترین ها مورد ارزیابی فراوان قرار گرفت. از جمله این مواد می توان به آلگام، IRM، رزین های کامپوزیتی، گلاس یونومر، Super EBA و تری اکسیدهای معدنی MTA اشاره نمود.
یک راه دیگر نفوذ مواد تحریکی به بافت های پری آپیکال از طریق عاج پس از قطع و برش اپیکوکتومی سطوح ریشه است. عاج باقیمانده پس از قطع انتهای ریشه بیشتر از عاج دست نخورده به مایعات نفوذپذیر می باشد؛ چراکه تعداد زیادتری از توبول های عاجی باز در محل برش وجود دارند. لبه کرونالی بول اپیکالی حاصل از برش در نزدیکی CDJ، تقریبا 13000 توبول عاجی در میلیمتر مکعب دارد. زاویه بول پس از انجام برش در میزان نشت مایعات بسیار مهم است. باید زاویه این بول را تا حد امکان کوچک گرفت و مواد پرکردگی را تا کرونالی ترین ناحیه بول امتداد داد. بر اهمیت سیل و پوشاندن سوراخ اپیکال در کنار پوشش توبول های عاجی باز تاکید بسیار شده است. کاهش یا حذف نفوذپذیری عاج قطع شده در درمان های اندودنتیک انتهای ریشه ضروری است. پاسخ بافت های پری اپیکال و دوام سیل مواد پرکردگی در حال بررسی است.